斯普林特老师将四只宠物龟训练成了忍者，分别以文艺复兴大师命名：达芬奇、米开朗基罗、拉斐尔、多纳泰罗。他们在电视台女记者爱普莉尔的帮助下，从地下走上地面，对抗由史莱德领导的“脚族”忍者军团。第一季短短五集便奠定了整个系列的基调：惩恶扬善、热爱披萨、糟糕的双关语。他们发现了史莱德试图利用电子干扰仪控制纽约的计划，并在城市屋顶展开激战。最终神龟们不仅打败了史莱德，还获得了爱普莉尔的信任。
这是无数80、90后的英雄启蒙动画。它虽然画质粗糙，但角色个性鲜明，台词幽默。它教会孩子们的第一课不是暴力，而是兄弟情和如何正确地吃芝心披萨。
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第二季引入“古今对话”模式，少年选手必须用国学智慧解决现代生活难题，方可晋级。